L’égyptologue Jean-Philippe Lauer propose une hypothèse de parenté, il la situe comme fille de l’Horus Djer (-2974/-2927). Manéthon indique que la reine Herneith, dont on attribue la tombe S3507 à Saqqarah, serait la mère de Merneith. Cette idée qu’elle fut la fille du roi Horus Djer et de la reine Herneith, même si aucune preuve n’a été trouvée pour appuyer de cette théorie, est largement reprise aujourd’hui par les spécialistes.

Elle aurait été à la fois une demi-sœur, une compagne, une régente, et, éventuellement, le cinquième « roi » de la dynastie avec un règne autour de -2914/-2900. Tous les chercheurs ne sont pas d’accord avec l’éventualité qu’elle pourrait effectivement avoir régné. Un sceau qui a été découvert dans la tombe « T » d’Oumm el-Qaab, de son fils Horus Den (-2914/-2867) à Abydos, nous confirme que « L’aimée de Neith » est l’épouse et la demi-sœur de Djet (ou Ouadji, -2927/-2914). La position exacte que Merneith a tenu est donc fortement contestée.