Petite île de 460 mètres de longueur sur 150 mètres de largeur, Philae est surnommée la perle de l’Égypte. C’est une des bosses de l’énorme barre de roches granitiques qui, sur plusieurs kilomètres, constitue la première cataracte du Nil, au sud immédiat d’Assouan. En ce lieu consacré à la déesse Isis, Nectanébo Ier fit construire un élégant pavillon vers 370, à la pointe méridionale de l’île. Le monument principal est cependant le temple d’Isis qui en occupe la partie centrale ; il a été édifié par les souverains lagides sur un sanctuaire antérieur, qui serait l’œuvre d’Amasis, pharaon de la XXVIe dynastie dont le nom est attesté sur de nombreux blocs de remploi. Limitée de part et d’autre par un portique à colonnes, une allée donnait accès au premier pylône du temple, haut de 18 mètres ; les reliefs de sa façade évoquent des exploits guerriers : en présence des divinités Isis, Horus d’Edfou et Hathor, le roi Ptolémée XII Néos Dionysos massacre les ennemis captifs, thème classique de l’iconographie pharaonique. En avant subsistent les restes endommagés de deux lions de granite, comme il y en a souvent devant les temples du Soudan et de Nubie ; ils étaient primitivement accompagnés de deux obélisques. Sur le côté ouest de la grande cour se dresse le mammisi , décoré par Ptolémée VIII Évergète II et achevé sous le règne de Tibère. Ce petit bâtiment annexe, consacré à la déesse Isis et au dieu-enfant Horus-Harpocrate — auquel était identifié le roi —, servait de cadre à la célébration du mystère de la naissance divine. Comme les autres mammisis, celui de Philae est entouré d’un portique ; au-dessus des murs d’entrecolonnement, les colonnes dressent leurs chapiteaux, aux thèmes floraux très variés, que surmontent les têtes hathoriques coiffées d’une sorte de naos : la protection de la déesse de l’amour convenait particulièrement à ce sanctuaire de la naissance ; en traversant une cour et deux salles, on parvenait au sanctuaire où sont figurés l’enfance d’Horus-Harpocrate, sa vie cachée dans les marais pour échapper à Seth et son allaitement par Isis ; d’autres représentations du mammisi illustrent la naissance d’Horus et des scènes de musique devant le nouveau-né.

Par un deuxième pylône, où l’on voit Ptolémée XII faisant des offrandes devant plusieurs divinités, on pénétrait dans une autre cour du temple d’Isis, suivie d’un vestibule à colonnes et de diverses antichambres. Dans le saint des saints subsiste le tabernacle en granite que l’on nomme naos et qui autrefois abritait la statue cultuelle d’Isis. Un escalier conduit à la chapelle d’Osiris, où des cérémonies étaient célébrées pour la mort du dieu. À l’ouest, une porte monumentale édifiée par l’empereur Hadrien est ornée de scènes osiriennes et d’une représentation célèbre des sources du Nil.
À l’est du temple d’Isis se trouvait le petit sanctuaire d’Hathor, déesse de l’Amour, commencé par les Ptolémées et continué par Auguste. Sur les colonnes, des animaux jouant d’instruments de musique semblent annoncer les reliefs grotesques de certains chapiteaux romans. Le dieu Bès, protecteur de l’amour et des accouchements, danse et joue du tambourin ou de la double flûte afin de chasser les démons malfaisants.
Plus au sud, le kiosque de Trajan dresse ses élégantes colonnes. Sur l’île s’élevaient encore bien d’autres monuments, comme le temple d’Harendotès, c’est-à-dire « Horus vengeur de son père », ou celui d’Auguste ; un autre était consacré à Imhotep, l’architecte de Djéser, divinisé par la suite ; deux nilomètres permettaient de mesurer le niveau du fleuve.

La renommée de Philae fut immense dans l’Antiquité. De très loin on venait en pèlerinage dans le temple d’Isis. Même après l’interdiction du paganisme en Égypte par Théodose, les Blemmyes, qui vénéraient tout particulièrement Isis, obtinrent le maintien des sanctuaires de Philae, qui restèrent ouverts jusqu’au VIe siècle, sous le règne de Justinien ; des églises chrétiennes furent alors installées sur le site.

Les chefs-d’œuvre d’architecture de Philae apparurent condamnés lorsqu’au début de ce siècle on érigea le barrage d’Assouan ; les ruines devaient être désormais immergées presque totalement durant la plus grande partie de l’année ; elles ne devenaient accessibles que pendant quelques semaines d’été, lorsqu’on ouvrait le barrage pour permettre aux eaux limoneuses et fertilisantes de s’écouler dans la vallée. Paradoxalement, Philae a pu être sauvée grâce au haut barrage d’Assouan (le Sadd al‘Ali) construit à quelques kilomètres en amont. Dans le cadre de la campagne de sauvetage des monuments de la Nubie, on avait pensé tout d’abord protéger l’île par une série de trois barrages annexes qui prendraient appui sur la rive du fleuve d’une part et sur la grande île de Biggeh d’autre part. Mais les difficultés techniques et surtout le coût de l’opération ont fait écarter ce projet. La solution finalement adoptée fut celle du transfert des temples de Philae dans la petite île d’Agilkia, à 300 mètres plus au nord. Cette entreprise gigantesque a été menée grâce au concours de l’U.N.E.S.C.O. qui a lancé une campagne internationale en vue de réunir les fonds nécessaires. La première phase des travaux, commencés en 1972, a consisté à édifier des batardeaux préserver temporairement les monuments de Philae tout en aménageant l’îlot d’Agilkia en vue de sa nouvelle destination. L’opération de démontage a duré trois années pleines de mai 1974 à mai 1977, et deux ans furent ensuite nécessaires pour reconstituer minutieusement le puzzle sur Agilkia. Depuis le 10 mars 1980, jour de l’inauguration du site, Philae est de nouveau accessible aux visiteurs.