Dakhla passait, avec Kharga, pour un ensemble géographique que les Egyptiens nommaient l’Oasis. Cette oasis se subdivise en trois bassins occupés à diverses périodes. Une alimentation en eau, accessible à faible profondeur, permet d’y vivre. Dès l’Ancien Empire, la région à l’entrée de l’oasis, à l’est, formait le centre d’une colonie égyptienne vivant sous le contrôle de gouverneurs dont le siège était le site correspondant à l’actuelle Aïn-Asîl, un des rares sites urbains de l’Ancien Empire connu. La ville, créée à la fin de la Ve dynastie, connaît un déclin à partir de la fin de la VIe dynastie à la suite d’un incendie qui ravage l’agglomération. Les tombes des gouverneurs qui se nomment, entre autres, Ima-Pépi, Khentyka, Décherou, Médou-nefer, se trouvent dans la nécropole de Qilâ el-Dabba, à l’ouest de la ville. La raison de cette présence égyptienne en plein désert tient à ce que Dakhla constitue une véritable position stratégique, à un moment où le désert n’est pas encore ce qu’il est aujourd’hui. Jusqu’aux environs de 2500-2400 av. J.-C., la route de l’Oasis, dont l’entrée se situe aux environs de Manfalout en Moyenne-Egypte, permet de gagner, via Dakhla, les contrées méridionales et d’éviter ainsi l’écueil des cataractes et de populations hostiles.

Après une période peu documentée, où les oasis sont délaissées ? sans doute les sources commencent-elles à se tarir ?, Dakhla connaît un essor considérable à partir de l’époque grecque, lorsque la technologie permet de creuser des puits profonds afin d’atteindre d’autres nappes. D’assez nombreux temples se trouvent, par ailleurs, à Aïn el-Birbaya, à l’entrée de l’oasis, à Qasr (temple de Thot), à Deir el-Hagar (temple d’Amon). Mais les grandes agglomérations de l’époque gréco-romaines portent les noms de Kellis (Sment el-Kharab), Trimithis (Amheida), Mothis (Mout el-Gharab) (temple de Mout), centre de cette oasis érigée en nome : le nome mothite. Les fouilles de Sment el-Kharab ont révélé l’existence de plusieurs temples qui livrent un enseignement sur la nature des croyances des oasis. Un des dieux les plus représentatifs de cette contrée, vénéré à Aïn el-Birbaya et à Sment, est Amonnakht, sorte de force panthée analogue à Seth du désert vénéré à Kharga ; l’autre divinité typique de la garde du désert, représentée sous l’aspect d’un lion passant, est Toutou, le Tithoès des Grecs. L’étude des vestiges de ces villes romaines apporte chaque jour confirmation de la prospérité de ses habitants et d’une culture véritable à en croire l’existence de bibliothèques privées formées d’extraits d’oeuvres classiques.